乌龟腐甲病可以通过清理伤口、调整饲养方式、药物、调整喂养习惯等方式治疗，通过此方式治疗，能够缓解皮肤损伤，减轻患病后引起的身体不适症状，并且还有利于身体正常发育，预防体重下降。如果疾病比较严重，通过以上治疗没有较明显的治疗效果，建议主人及时带乌龟去正规的宠物医院做相关检查，然后根据病情的轻重情况积极配合医生治疗，有利于病情得到控制，使局部恢复正常。
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至少需要干养15天以上，等腐甲上腐坏的病灶干、结痂、变硬或者完全变好之后才可以重新让乌龟接触水。治疗乌龟腐甲病的重要环节就是干养以及积极地消炎抗菌。干养前，需要将乌龟甲壳上腐坏的病灶全部清除干净，进行全面的清洗和消毒，在起初的几天，建议完全干养，等到乌龟病情好转，可以准备干净的清水适当的让乌龟泡水。
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不能自愈。如果不及时治疗会导致乌龟的眼睛失明，严重时会继发感染最终导致乌龟死亡。因此需要采取以下措施：首先，用眼膏给病龟消炎，同时用稀释后的抗菌药水进行药浴。其次，清洁乌龟眼部的白色分泌物，并保证水质干净。再者，给乌龟喂食一些营养价值较高的食物，帮助眼部快速恢复。平时在饲养中需要定期给乌龟换水。
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乌龟肺炎是不能自愈的，而且恢复情况需要根据乌龟治疗的程度、肺炎的程度来决定。如果乌龟没有治疗，随着拖延的时间越长，乌龟也会出现死亡。如果乌龟进行积极的治疗，并且治疗效果良好，那么乌龟存活的机率就比较大。在这种时候，主人需要注意的是，如果发现乌龟有肺炎的情况，建议要干养，不然会因为呛水加重肺部感染。
